纳豆的保健功能主要与其中的激酶、异黄酮、皂青素、维生素K2等多种功能因子有关。有改善便秘，降低血脂，预防大肠癌、降低胆固醇、软化血管、预防高血压和动脉硬化；清除体内致癌物质、提高记忆力、护肝美容、延缓衰老；调节肠道菌群平衡，预防痢疾、肠炎和便秘，缓解酒醉等功效。
　　调解肠胃：大豆的蛋白质具有不溶解性，做成纳豆后，变得可溶，并产生氨基酸，原料中不存在的各种酵素，由于纳豆菌及关联益生菌产生，可以帮助肠胃消化吸收。发酵后的豆制品，蛋白质的利用率提高，妨碍消化吸收的比率会降低。
　　排毒养颜：纳豆不受胃液的强酸影响，它能很快在肠道内定植并产生吡啶二羧酸，有助于杀灭、抑制肠道内的有害菌和病毒。纳豆的粗提物中含有丰富的卵磷脂、不饱和脂肪酸、维生素E等抗氧化成分，可有效降低血脂、胆固醇及清除脑组织细胞中过氧化质色素，调节皮肤细胞和皮肤表面水和脂肪的平衡，促进血液循环，改善皮肤弹性，令皮肤光洁柔软，达到延缓衰老之功效。
　　调节血糖：餐后血糖值出现明显下降趋势，是非常直观的。一是纳豆菌吞噬葡萄糖和粘物质的作用，二是纳豆中的高弹性蛋白酶（或称胰肽酶E，Elastase），抑制了血糖增加。它具有与猪胰脏所含的这种酶的作用，而猪胰腺的弹性蛋白酶已用于高血糖的治疗药物。
　　瘦身减肥：纳豆中的粘液素具有与膳食纤维相似的作用，它能减少人体对脂肪的吸收。另外，纳豆中的维生素K2支持体内脂肪燃烧，防止脂肪在体内堆积，从而起到瘦身减肥的作用。纳豆菌在肠内大约能坚持1周左右，可以促进其它有益菌增殖。人体吸收的营养就成为肠内细菌的饵食而被吞噬，再加上纳豆激酶可燃烧脂肪，由此就能减肥。还有纳豆粘物质发挥了浸溶、包裹的作用。因而纳豆减肥是缓型有效的，不会反弹。
纳豆的作用
　　防治骨质疏松：骨质是由维生素K2和优质蛋白质先形成骨元蛋白，再与钙生成骨质，蓄积骨中，增加骨密度这三大要素缺一不可。纳豆中包含大豆异黄酮和维生素K2。大豆异黄酮能防止骨中钙的溶解，而维生素K2则能够将钙固定于骨中。也就是说，大豆异黄酮和维生素K2的组合能相互协力，起到强骨的作用。
　　调节血脂：纳豆可以抑制血中的LDL氧化，有效降低总胆固醇以及三酸甘油酯的浓度，进而减少粥状动脉硬化的发生。同时，抑制和减少血管紧张素II的合成，减轻血管外周阻力，进而达到降脂降压的目的。
　　改善更年期综合症：纳豆中的大豆类黄酮可以补充体内雌激素的不足，还能调节内分泌、改善更年期症状、防治女性骨质疏松。
　　防癌抗癌：纳豆中含有染木素、胰蛋白酶抑制剂，能抑制病原性大肠杆菌以及其它病原菌，如金黄色葡萄球菌、沙门氏杆菌、李斯特菌等。另外，纳豆中的异黄酮是一种防止细胞氧化的抗氧化物质，能进一步起到防癌抗癌的作用。
　　防治血栓类疾病：纳豆中含有大量能溶解血栓的纳豆激酶，它是一种溶纤维蛋白酶，可直接分解血栓，每克湿纳豆溶栓效果相当于尿激酶1600IU。纳豆激酶对血栓的作用时间长达8-12小时，而尿激酶作用时间只有30分钟。在日常生活中可以口服纳豆，能有效地摄取足量的纳豆激酶，它可以在毛细血管中发挥重要的调节作用